位在南投縣水里鄉的水里遊客中心，為玉山國家公園管理處辦公大樓，與位於登山口附近的遊客中心不太一樣，但一樓仍設有遊客中心提供旅遊諮詢，與入山申請服務，另外也設有展示室、視聽室、玉山藝廊及遊客休息區等，定期提供園區影片簡介、生態影片，以及玉山國家公園大事記的常設展。
水里遊客中心的常設展包括一區「玉山組織員額變遷」玉山處成立迄今的介紹及組織變革；二區「經營管理與夥伴關係」包括瓦拉米礦業禁採及新中橫公路停建；三區「珍愛玉山、榮耀玉山」涵蓋屢獲肯定的出版品、玉山之美攝影展等；四區「登山遊憩服務」玉山主峰線變革、入園總量管制之啟動及延續、排雲山莊轉移及新建、長程縱走山屋及日治鐵線吊橋整建等項目，讓遊客能藉此了解玉山國家公園的經營歷程。
在水里遊客中心了解完玉山國家公園後，可以到對面的親水公園或附近的水里蛇窯陶藝文化園區、明潭水庫、日月潭、集集老街、七彩吊橋、梅子夢工廠…等等景點遊覽。如果是兩天一夜以上的行程，甚至可以再去認識一下合歡山國家森林遊樂區，輕鬆走訪三座百岳。
